La cabecera del municipio fue fundada el 8 de mayo de 1757 por el capitán Domingo de Ungaza bajo la advocación de Nuestra Señora de Gregoria, con el nombre de Villa Real de Borbón o Cerro de Santiago. Se asentó al pie de Cerro de Santiago. Con una población de 160 personas provenientes de San Antonio de los Llanos y Linares, Nuevo León.

El nombre actual de Villagran le fue dado en honor del héroe insurgente Julián de Villagran, siendo gobernador del estado Don Lucas Fernández, por decreto del 15 de noviembre de 1827.